Após a definição clara de quais são os alergênicos a serem gerenciados, o próximo passo para o planejamento do programa é o estabelecimento de objetivos do mesmo. Para isso, há duas situações que deveriam ser consideradas:

1) Quando os alergênicos fazem naturalmente parte da composição do produto, por desenvolvimento, deve-se assegurar que estes são claramente declarados na lista de ingredientes. Aqui, deve-se evitar informações que podem levar o consumidor a erro. Por exemplo, nem todos sabem que a caseína é uma proteína encontrada no leite, e isso deve ser bastante explícito na rotulagem. Um dos objetivos do programa deve, então, ser o de alertar claramente ao consumidor quando um produto, por desenvolvimento, contém um alergênico. Os procedimentos de aprovação dos dizeres de rotulagem ao se desenvolver novos rótulos devem sempre incluir a área de qualidade e/ou segurança de alimentos e procedimentos para liberação dos materiais a cada recebimento considerando a adequação da rotulagem devem ser estabelecidos.

2) Quando os alergênicos não fazem parte da composição intencional do produto, mas há potencial de estarem presentes no mesmo por contaminação cruzada, devem-se adotar todas as medidas preventivas para se evitar esta contaminação. Caso não seja possível demonstrar a eficácia de tais medidas em prevenir a contaminação (o que efetivamente acontece em muitos casos) deve-se adotar a rotulagem como forma de alerta ao consumidor ou outros tipos de alerta a clientes quando não se fornece produtos diretamente para o consumo final. Deve-se ter em mente que este é o último recurso a ser adotado e que antes disso deve-se implementar todas as medidas para minimizar o risco de contaminação. Um dos objetivos do programa deve, então, ser claramente o de prevenir esta contaminação cruzada e alertar ao consumidor nos casos em que não se consegue uma garantia dessa prevenção.

O próximo passo é a realização de uma avaliação de riscos. Caso a organização já tenha o sistema APPCC (Análise de Perigos e Pontos Críticos de Controle) implementado, é fortemente recomendado que se utilize a própria ferramenta de análise de perigos proporcionada pelo APPCC para fazer a identificação e avaliação dos potenciais perigos decorrentes de contaminações cruzadas (ou situações que possam levar a estas contaminações) por alérgenos. Algumas organizações optam por incluir esses perigos entre os perigos químicos, o que conceitualmente, não está incorreto. Outras optam por criar uma quarta categoria de perigos, além dos biológicos, químicos e físicos de maneira a se destacar esse tipo de perigo. As duas opções são aceitáveis, desde que se considere o potencial de contaminação potencial em todas as etapas pertinentes. Para classificar a severidade deve-se sempre levar em conta os efeitos adversos à saúde. Lembre-se que alguns alergênicos são bastante potentes, podendo levar à morte imediata de consumidores em alguns casos.

Talvez, após essa avaliação se identifique a necessidade de algumas modificações de processo neste momento, pois é comum se perceber durante a análise de perigos que há vários pontos potenciais de contaminação que não são controlados na prática. O resultado da análise deve ser utilizado constantemente para realimentar o programa de controle de alergênicos, Convém ressaltar que, independente da análise de perigos, certas medidas preventivas sempre devem ser adotadas, estabelecendo-se uma base de programas de pré-requisitos voltados ao controle de alergênicos. Falaremos mais sobre algumas dessas medidas preventivas oportunamente.